O ator é pai de uma menina, Harper Grace, e um menino, Gideon Scott, gêmeos com sete anos de idade, e casado com David Burtka. Durante um evento publicitário, ele contou que está tendo dificuldades com a alimentação dos filhos. “Meu filho decidiu que só quer comer granulado”, brincou. “Nós tentamos muito e, finalmente, decidimos colocar granulados em cima do nosso pão integral, já que o pai dele é um grande chefe”, disse Harris sobre Burtka.
Ele falou que não é fácil trabalhar longe de seus filhos, e que está feliz que isso está prestes a mudar. “Eu estou voltando a rotina de ser um pai em tempo integral, não apenas um pai que está lá por alguns dias e já logo tem que sair de novo. A distância é difícil. Necessária, às vezes, mas um desafio”, falou.